南京市交通局(南京市港口管理局）是市政府管理南京市地方公路、水路、港口交通行业的职能部门。负责全市范围内公路、航道、地方港口、码头和公路货运站点等交通基础设施的建设、养护与管理；负责全市公路客货运输、水上运输、汽车维修、驾驶培训的行业管理；负责全市地方水上交通安全监督管理；负责全市交通规费的征收管理和道路运输路政、运政、规费的稽查等。   

    南京市交通局机关现设办公室、纪委（监察、审计）、组织人事处、机关党委、交通工会、宣传教育处（团委）、综合计划处、经济指导处、政策法规处、老干部处、交通战备办公室、安全技术处 、财务处、港口管理处14个处室；下属南京市公路管理处、南京市公路建设处、南京市公路运输管理处、南京市交通局运政稽查支队、南京市汽车维修行业管理处（南京市汽车驾驶员培训管理处）、南京市航道管理处、南京市地方海事局（南京市船舶检验局）、南京市航运管理处、南京市板桥汽渡管理处、南京市交通工程质量监督站、南京市交通行业与产业项目招标投标管理办公室、南京市交通规费征收处12个行业管理部门；下属一所高级交通技工学校――南京市交通高级技工学校（南京交通技师学院）。   

     多年来，南京交通系统以“服务人民、奉献社会”为宗旨，筑桥铺路为人民、优质服务创一流，为南京市国民经济和社会发展做出了重要的贡献，先后荣获“全国创建文明行业先进单位”、“全国交通系统先进集体”、“江苏省文明行业”、“建设新南京有功单位”等光荣称号。